Семена льна содержат большое количество биологически активных веществ, имеющих широкий спектр фармакологического действия. Наружная оболочка семян (эпидермис) содержит 3–9 % слизи. В слизи установлено наличие арабинозы, галактозы, ксилозы, рамнозы и глюкозы. В процессе созревания семян льна количество рамнозы увеличивается, а глюкозы — уменьшается. В состав слизи также входит около 8% белка и не менее 2,6% кальция.
Семена льна содержат цианогенные гликозиды, которые могут влиять на фармакологическое и токсикологическое действие препаратов, полученных из данного сырья. Установлено наличие таких цианогенных гликозидов, как линамарин (23,4%), линустатин (6,64%), неолинустатин (4,86%) и лотаустралин (2%).